Мальтийская компания-резидент платит налог на мировой доход компании. Ставка налога на прибыль предприятия 35%. Однако, владельцы компании имеют право получить возврат налога. 

Филиал иностранной компании на Мальте облагается по тем же принципам налогообложения, как и компания на Мальте.

С 1 января 2007 года компании не делят на "торговые" и "холдинговые" в плане налогов. В системе налогообложения, существующей с 2007 года, учредители компании могут претендовать на возврат от уплаченного налога на прибыль в размере  шесть седьмых частей.